本センターは「環境健康都市園芸フィールド科学教育研究センター」として、園芸学部、医学部、附属病院、教育学部、薬学部の協力のもと、学内の他の多くの部局の支援を受けて、平成15年に設立されました。その後平成19年に名称を「環境健康フィールド科学センター」に変更し現在に至っています。設立に当り、園芸学部附属農場が改組され、環境園芸農場として本センターの附属施設として包摂されたことから、同学部の農場実習教育も本センターが担っています。「環境健康総合科学と都市環境園芸学が融合した、環境健康フィールド科学を創成し、国内的また国際的に中心となる教育研究センターとすること」が、本センターのミッションのひとつであり、センターが設立された目的です。